2012年6月5日，環(huán)保部副部長吳曉青表示，環(huán)保部高度重視媒體和社會組織對重慶小南海水電站的有關(guān)意見，并已要求地方環(huán)保部門對小南海水電站問題深入論證，慎重決策。他同時透露，環(huán)保部至今尚未收到有關(guān)小南海水電站環(huán)評的材料。
2012年2月22日，作為小南海水電站環(huán)評單位的長江水資源保護(hù)科學(xué)研究所，在其官網(wǎng)發(fā)布了小南海水電站“三通一平”環(huán)境影響評價公眾參與信息公告，公示時間為2月23日至3月3日。3月2日，該網(wǎng)站又發(fā)布小南海水電站“三通一平”環(huán)評公眾參與第二次信息公告。
隨后重慶于3月29日啟動了小南海水電站奠基儀式暨“三通一平”工程建設(shè)。但僅過了不到兩天，3月31日，多家環(huán)保組織及專家學(xué)者聯(lián)名向國務(wù)院發(fā)出公開信，呼吁緊急叫停小南海水電站工程，“嚴(yán)格依法保護(hù)長江干流唯一的國家級魚類保護(hù)區(qū)”。
該項目環(huán)評方主管單位長江水利委員會（下稱長江委）的一名官員表示，整個小南海水電站的建設(shè)爭議持續(xù)了十多年，最根本的爭議是項目將人為分割長江上游珍稀特有魚類國家級保護(hù)區(qū)（重慶段），影響長江珍稀特有魚類的繁衍生息。
“修建小南海水電站最直接的影響是，阻斷了壩下18公里實驗區(qū)與壩上魚類保護(hù)區(qū)其他江段的聯(lián)系，削弱了三峽水庫對保護(hù)區(qū)魚類的補充作用；間接影響則是壩上將形成47公里的水庫淹沒區(qū)，河流型生態(tài)環(huán)境將向水庫型生態(tài)環(huán)境轉(zhuǎn)變，該江段的原有功能將會發(fā)生一定的改變。”前述官員表示。
根據(jù)相關(guān)材料，長江上游珍稀特有魚類國家級保護(hù)區(qū)（重慶段）主要保護(hù)對象是白鱘、達(dá)氏鱘和胭脂魚等，另外還有46種特有魚類。小南海工程壩址最主要的影響是對魚類洄游上溯的阻礙。
長江委的這名官員說：“影響多少需要（以）科學(xué)的態(tài)度面對，絕對不會是像（當(dāng)?shù)兀┱f的那樣影響極其微弱，但也不是有些環(huán)保組織說的那么嚴(yán)重，部分環(huán)保組織有夸大不利影響的行為。”依據(jù)不同魚類生存所需空間大小不同，其對不同魚類的影響程度也不同。
對個體數(shù)量極為稀少的白鱘、達(dá)氏鱘，以及數(shù)量相對較多的胭脂魚而言，壩址將對白鱘種群數(shù)量產(chǎn)生一定不利影響，對達(dá)氏鱘和胭脂魚的影響程度較低。圓口銅魚若能在相關(guān)江段內(nèi)發(fā)育成熟并進(jìn)行自然繁殖，其種群可能在保護(hù)區(qū)水域內(nèi)形成一定規(guī)模。
漂流性卵經(jīng)濟(jì)魚類，在小南海壩址上下均有產(chǎn)卵場，壩下產(chǎn)卵場對資源的補充能力不能滿足其自然增長的需要，而壩上所產(chǎn)漂流性卵則可以對壩下群體產(chǎn)生一定的補充。
影響最大的是長江上游特有魚類薄鰍，因為這些魚類早期生活需要通過壩體建筑物，因此會受到一定程度的損傷，導(dǎo)致早期成活率大幅降低。而壩址阻隔不能對壩上群體形成有效補充，因此在電站建成后，壩上群體將會大幅減少。
